重庆市水利水运工程重点实验室主要依托1986年并入重庆交通学院的交通部西南水运工程科学研究所、1995年建成的水利水运工程实验研究中心科研力量建立，是重庆市批准建立的首批市级重点实验室。

重庆市水利水运工程重点实验室是重庆交通大学水利工程学科高水平平台建设的奠基石，依托该平台先后成功申报了内河航道整治技术交通行业重点实验室（重庆交通大学第二个交通部科研平台）、国家内河航道整治工程技术研究中心（重庆交通大学首个国家级科研平台）、水利水运工程教育部重点实验室（重庆交通大学首个教育部重点实验室）与长江航运工程与智能航道技术协同创新中心(重庆交通大学首个教育部协同创新平台)。

重庆市水利水运工程重点实验室的高水平建设还为“水利工程”一级博士点的成功授予、重庆市首批院士专家工作站的成功申请以及水利工程一流学科建设起到了卓越的贡献作用。