西南水利水运工程科学研究所院士专家工作站于2012年经重庆市科学技术协会批准建立，是重庆市首批设立的院士专家工作站。院士专家工作站首期聘请中国工程院梁应辰院士、韩其为院士作为首期进站专家，目前在站专家主要有中国水利水电科学研究院胡春宏院士、中交水运规划院吴澎国家设计大师、四川大学刘兴年教授和中交集团西南区域总部刘先鹏教授级高工。

院士工作站积极发挥院士专家高端智库的作用，采用项目合作、团队联合共建等多种方式，吸引院士专家智力助力重庆水运交通发展。在全国率先提出了《三峡新通道建设工程方案研究报告》，重庆市原市委书记黄镇东、原市长王鸿举以及重庆交通委员会的多位领导均到所调研，并得到重庆市领导的批示。重庆交通大学西科所率先提出的三峡新通道建设方案，作为交通运输部与重庆市主推的建设方案送交国务院，李克强总理审阅研究报告后，作出重要批示。助力国家将推进三峡枢纽水运新通道建设事项列入国家十三五、十四五发展规划纲要。

西南水利水运工程科学研究所院士专家工作站在重庆市科协组织的院士专家工作站评估中均名列前茅，均获得“优秀”的好成绩。