1、水利电力部、交通部西南水利水运工程科学研究所时期（1965年7月～1974年1月）

◆1965年7月，成立水利电力部、交通部西南水利水运科学研究所筹备处。

◆1966年4月，原水利部、交通部南京水利科学研究所抽调部分技术骨干成立水利电力部、交通部西南水利水运科学研究所。

2、交通部天津水运工程科学研究所宜宾留守处时期（1974年1月～1977年9月）

◆1974年1月，西南水利水运科学研究所与天津新港洄淤研究站合并，成立交通部天津水运工程科学研究所。

◆1974年3月，成立交通部天津水运工程科学研究所宜宾留守处。

3、交通部西南水运工程科学研究所时期（1977年9月～1986年6月）

◆1977年9月，恢复续建交通部西南水运工程科学研究所。

4、重庆西南水运工程科学研究所时期（1986年6至今）

◆1986年6月，交通部西南水运工程科学研究所并入重庆交通大学（原重庆交通学院），仍为部属二级单位。

◆1999年4月，更名为重庆西南水运工程科学研究所。

◆2022年10月，更名为西南水利水运工程科学研究院。