2004年5月，为适应重庆市建设长江上游航运中心的需要，在重庆市教委、交委、市发改委的大力支持下，由重庆交通大学牵头，联合长江重庆航运工程勘察设计院、重庆市交通规划勘察设计院、重庆港务集团（现重庆港务物流集团）、重庆市航运开发建设有限公司等单位组建了“重庆市航运工程技术研究中心”。“中心”围绕三峡库区、长江上游和嘉陵江、乌江、涪江、綦江及库区一些重要支流，重点在内河航道整治工程技术研究开发、内河港口码头工程新技术、新结构、新材料研究开发、航电枢纽工程技术研究开发、内河及库区航运环境工程综合治理研究和航运工程设计及咨询等方面开展关键技术研究开发，并对外提供工程化、系统化服务能力。

“中心”占地约120亩，建筑面积共17332m2，拥有流量为1.2m3/s的清水供回水系统等各类仪器设备总数936台套，设备总值2400万元，是西南地区唯一设施完善的内河航运试验研发基地。拥有一支职称、年龄、学历结构合理的水利水运专业队伍，有全国知名专家、全国优秀教师、交通部科技英才、重庆市学术带头人。有固定研究人员48人，包括教授16人，副教授23人，具有博士学位的研究人员12人。4名学术带头人均是国内优秀的学者担任。

“中心”先后承担了国家自然科学基金、国家“七五”、“八五”、“九五”、“十五”科技攻关项目、西部交通建设重大项目、教育部重点项目、省部级科技攻关项目以及一大批省、市重点科研项目和横向协作项目，为工程技术中心的建设奠定了良好基础。2000年以来，“中心”科研课题获国家及省部级奖共计10项，其中省部级科技进步奖二等奖3项，省部级科技进步奖三等奖7项，其他12项。工程中心人员获得国家专利1项，成果被采用55项。实验室人员在国内外学术期刊及学术会议上公开发表论文共计253篇。有37篇次被三大检索系统（SCI、EI、ISTP）收录。出版专著7部。共承担航运工程技术研究55项，航运工程设计与规划25项，航运工程模型试验研究95项，航运工程技术咨询服务60余项，完成科研、设计总经费6000多万元。科研成果应用率达到85％以上，尤其是长滨路、朝天门广场和南滨路等工程的建设较好地体现了科技成果的推广应用，取得了巨大的经济效益和社会效益。

“中心”建设成效显著。2010年12月，被评为重庆市开放示范研发平台