内河航道整治技术交通行业重点实验室成立于2007年12月，是重庆交通大学被交通运输部认定建设的第二个部级重点实验室。实验室以“山区河流航道整治和枢纽通航”为特色，主要面向研究和解决我国内河航道整治、航运枢纽及港口建设领域中具有基础性、战略性和前瞻性的重大理论和应用技术问题，开展科技攻关工作。

为了适应国家绿色发展战略和重大科技需求，突出“安全”、“绿色”、“智能”的引领作用，设立了内河复杂滩险航道整治技术、航运枢纽及通航建筑物关键技术、绿色航道建设与通航安全保障技术、内河码头建设与智能化管养技术四个研究方向。

实验室完成了一大批长江、西江等国家航运干线建设重大内河航道整治工程科技攻关任务，突破了一批关键技术。国家高等级航道网通航枢纽与船闸水力学创新研究及实践获2012年国家科技二等奖。在2013年、2018年交通部组织的两次重点实验室评估中，实验均评为“优秀”，为水运行业高校第一名。