国家内河航道整治工程技术研究中心由重庆交通大学和长江航道局共同建设，重庆交通大学校内主要依托河海学院与西科院两家单位。自2011年立项建设以来，以服务国家重大战略为导向，致力于解决我国内河水运发展面临的关键技术难题，为构建“安全、便捷、高效、绿色、经济”的现代内河水运体系提供技术支撑和服务，组建了以中国科学院王光谦、倪晋仁院士，中国工程院钮新强、胡春宏、严新平、胡亚安院士领衔的技术专家委员会，拥有新世纪“百千万人才工程”国家级人选、全国优秀教师等研发人员120余人，拥有1个国家级人才培养模式创新实验区、1个交通运输部交通行业创新人才培养示范基地。

“中心”形成了生态航道、智能航道、港口和枢纽通航3个具有特色和优势的研究方向，承担了全国内河航道开发70%以上的研究任务，取得了“长江黄金航道生态建设关键技术”、“高等级航道智能感知与服务技术”、“高水头船闸水力学与枢纽扩能技术”、“内河大水位差枢纽港智能建造及运维关键技术”等多项核心技术成果，先后荣获国家科技进步特等奖、国家科技进步二等奖、省部级科技进步一等奖以上科技奖励35项，在2014年同批接受科技部验收评审的34家单位中，以第2名的优秀成绩通过验收。提出“航道开发—社会经济—生态压力”综合评价指标体系，率先突破长江航道水—沙—鱼动力学与鱼类生境营造技术瓶颈，为三峡水运新通道决策建设、涪陵至朝天门4.5米生态航道立项建设等提供有力支撑。《三峡新通道方案研究报告》得到李克强总理批示，服务国家长江经济带战略和长江上游航运中心建设成效明显，为《西部陆海新通道平陆运河通航与船闸防咸关键技术》项目的顺利推进提供关键技术支撑。