西科院始终以“科技创新”为发展第一动力，以“交通强国”为中心任务，自1978年全国科技大会至2022年底，承担长江黄金水道、葛洲坝工程、三峡枢纽工程、西江黄金水道、平陆运河、引江济淮等国家重大工程科研咨询项目3000多项，创造了一系列具有国际领先和国际先进水平的科研成果，获得包括国家科技进步特等在内的85项国家级与省部级科技奖励：其中依托葛洲坝工程，获得国家科技进步特等奖；依托长江鸡扒子抢险工程，获得国家科技进步三等奖；依托长江三峡枢纽工程，获得国家科技进步二等奖；依托三峡通航及国家高等级航道建设，获得国家科技二等奖。
西科院国家级科技奖励
| 序号 | 获奖名称 | 类别 | 等级 | 年度 |
| 1 | 长江鸡扒子抢险整治工程 | 国家科技进步奖 | 三等奖 | 1985 |
| 2 | 葛洲坝二、三江工程及其水电机组项目 | 国家科技进步奖 | 特等奖 | 1987 |
| 3 | HB-4B型计旋半周期法非恒定流流速仪 | 国家技术发明奖 | 四等奖 | 1996 |
| 4 | 三峡工程明渠导流及通航研究与运行实践 | 国家科技进步奖 | 二等奖 | 2004 |
| 5 | 国家高等级航道网通航枢纽与船闸水力学创新研究及实践 | 国家科技进步奖 | 二等奖 | 2012 |
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