科学城科研基地位于重庆江津双福，占地约300亩，建有港航综合试验厅、水工试验厅、基础水力学试验厅、船模及波流试验厅，建筑面积4.8万㎡，以及约5万㎡大型综合试验场。研发基地配备了完善的大型清浑水试验系统(供水能力达3m³/s)、大型变坡输水系统、大型波流测试系统、大型变坡水槽搭载测试设备、明渠非恒定流自动循环控制测量系统、船闸输水测量控制系统、船闸水力学多参数测量系统、大型通航船舶模拟器、船模试验循环水槽等一批先进设备；构建了水流紊动与泥沙输移实验系统、航运枢纽与通航建筑物模型测控系统、航道工程模型测控系统、船闸水力学测控系统、船舶通航仿真模拟测控系统、内河航道整治数值实验系统等科学试验平台。