1、水利电力部、交通部西南水利水运工程科学研究所时期（1965年7月-1974年1月）
1965年7月，国家水利电力部、交通部根据中央备战建设“大三线”的战略，成立“水利电力部、交通部西南水利水运科学研究所筹备处”。
1966年4月，水利电力部、交通部西南水利水运科学研究所（以下简称“西南水科所”）成立（《关于正式建立水利水运科学研究所的通知》），受水利电力部、交通部双重领导。其编制和业务领导以交通部为主，中共党组织关系受宜宾地委领导。人员编制111人，其中南京水利科学研究所抽调60人，水利水电科学研究院抽调2人，南京军事学院专业14人，交通部分配研究生1人，院校分配大学毕业生22人、中专生7人，其他单位调入5人。
1966年5月，交通部、水利电力部下发《关于西南水利水运科学研究所设计任务书的批复》，同意西南水科所的主要任务是研究西南水利水运生产建设中的科学技术问题，开展水运方面的研究工作，并以山区河流通航的研究为重点。人员编制300人，建设总投资控制在200万元以内，1970年以前全部建成。
这一时期，西南水科所先后承担了金沙江杂木滩、老君滩、陆营滩、金刚背、红岩峡、白鹤滩、丙蓝拐等航道整治技术研究，川江折桅子、倒脱靴、观音滩、狐滩、方滩等整治研究，川江忠州三湾、青滩、太平溪至葛洲坝、小南海、渣角滩及岷江老木孔滩航道整治模型试验，川江溪口滩、兰家沱至重庆段航道整治勘察，长江中游界碑、陆溪口、周天河段整治技术研究，宜宾地区富顺县大桥沟水库溢洪航道整体模型试验，小江船闸整体水工模型试验，青衣江桐梓岭至梯子岩河段河床演变分析，青衣江无坝引水工程模型试验，下桥水电站放空管闸门振动模型试验等水运工程科学研究项目。
2、交通部天津水运工程科学研究所宜宾留守处时期（1974年1月-1977年9月）
1974年1月，交通部根据周恩来总理“加快海港建设，三年改变面貌”的指示精神，将西南水利水运科学研究所与天津新港洄淤研究站合并，成立交通部天津水运工程科学研究所。
1974年3月，经请示交通部同意，成立交通部天津水运工程科学研究所宜宾留守处，继续开展水运工程研究工作。
这一时期，留守处先后承担了长江南津关河段整治模型试验，葛洲坝枢纽大江船闸航道整体水工模型试验，并对宜昌至重庆河段的青岩子、码头碛、下洛碛等川江浅滩整治进行研究。
3、交通部西南水运工程科学研究所时期（1977年9月-1986年6月）
1977年9月，为加强长江中上游及山区河流航道整治工程的通航科学试验工作，根据国家计划委员会意见、经四川省革命委员会同意，交通部决定利用原有条件恢复续建交通部西南水运工程科学研究所（《关于西南水运工程科学研究所的领导关系和续建问题的通知》（77）交人字42号），人员编制控制在150人以内，由长江航运管理局领导，党组织管理隶属宜宾地委。交通部西南水运工程科学研究所（以下简称“西科所”）所需物资、技术设备、图书资料等，由交通部直接分配调拨供应。
1978年8月，长江航道局下达《加强科技管理工作若干规定的通知》，明确了西科所的发展方向和性质任务。通知指出：西科所是长江航道局领导下的航道专业科研机构，负责承担长江航道的科研任务，解决航道建设中的关键技术问题，着重进行山区航道整治、渠化的研究，河工、水工模型试验及其有关理论的探讨和山区航道整治的施工机械化研究等。并明确到1980年人员编制扩充至150人。
1980年2月，长江航道局批复西科所机构设置为：
一、党政机构二个，即党委办公室、行政办公室；
二、科研机构六个，即技术计划室、情报资料室、水工室、航道室、仪器室和施工室；
三、车间一个，即金工和木工车间。
1984年9月，长江航道局对西科所机构进行调整，设立“五室两办”，五室：航道研究室、水工研究室、仪器研究室、情报资料室、计划基建室；两办：行政办公室（下设人事教育组、财务组、总务组、供应组和加工组）、党委办公室。
这一时期，西科所先后承担了川江小米滩、神背嘴、鸡扒子滩、九龙滩等航道整治模型试验及千金岩港区河工模型试验，四川涪江永安电航枢纽、铜街子水电站筏闸及嘉陵江马回电航工程船模试验，船闸侧墙廊道多短支管输水系统试验，研制了小比尺自航船舶模型、HD-3型流速仪等模型测试仪器，并开展了川江整治技术经验总结。
1986年4月，西科所召开成立20周年庆祝大会。会议回顾了建所20年来走过的历程和取得的科研成果：建所20年间，西科所先后独立或合作完成各类航道、水工模型试验课题和仪器研制项目44项，主要成果获全国科技大会奖1项、国家科技进步三等奖1项（合作）、交通部科技成果三等奖2项、局级科技成果奖1项。
4、重庆西南水运工程科学研究所时期（1986年6月～至今）
1986年6月，交通部根据交通体制改革的总体部署，为实行科研与教学相结合，决定将交通部西南水运工程科学研究所并入重庆交通学院（《关于将西科所并入重庆交通学院的通知》（86）交劳字380号）。
这一时期，西科所先后承担了三峡工程蓄水位问题及施工期导流通航问题研究，三峡大坝下游两坝间通航问题研究，三峡工程泥沙、通航问题研究，三峡工程库区港口航道建设、库区文物保护、水库变动回水区航道整治、山区河流桥梁防撞技术、国家水运主通道建设、西南地区几乎所有通航河流的航运工程关键技术、枢纽通航等科研工作。在国家高等级航道网通航枢纽及船闸关键技术创新方面，2012获得国家科技进步二等奖与中国航海学会特等奖。在重庆市打造长江上游航运中心工作中，西科所为重庆市建设寸滩、果园、万州新田、涪陵龙头港等重大港口航道建设项目提供了强有力的决策与技术支撑。累计完成科研课题2000余项，先后获国家及部省市级科技进步奖40余项。
这一时期，西科所和河海学院联合开展科研基础条件建设，在科技研发平台建设方面取得重大突破。
2000年11月，重庆市教育委员会批准重庆交通大学建设“重庆市水利水运工程重点实验室”（《关于批准首批重庆高校市级重点实验室的通知（渝教科[2000]11号）》）；2007年，实验室被列为省部共建教育部重点实验室；2011年，实验室通过教育部专家组验收。
2004年11月，重庆市科学技术委员会批准重庆交通大学建设“重庆市航运工程技术研究中心”（《关于批准组建多肽制药等10个市级工程技术研究中心的通知（渝科委发[2004]68号）》）；该“中心”建设成效显著，2010年12月，被评为重庆市开放示范研发平台。
2007年12月，国家交通部批准重庆交通大学建设“内河航道整治技术交通行业重点实验室”。在交通运输部科技司2012年1月~2013年9月组织实施的43家重点实验室评估中，获得全国水运行业重点实验室排名第2、高校重点实验室排名第1的好成绩（《关于公布交通运输行业重点实验室评估结果的通知（科技综合函[2013] 321号）。
2010年，重庆交通大学联合长江航道局向国家科技部申请立项建设“国家内河航道整治工程技术研究中心”；经科技部组织专家现场评审，2011年1月，“国家内河航道整治工程技术研究中心”正式获得科技部批准立项建设（《关于2010年度国家工程技术研究中心立项的通知（国科发计[2011]5号）》）。2014年11月，科技部发布2014年度国家工程技术研究中心验收结果，重庆交通大学国家内河航道整治工程技术研究中心在34个验收单位中排名第二，顺利通过评估验收，并予以正式命名。
2012年7月，由西科所主要负责申报的重庆市院士专家工作站获得重庆市科学技术协会等八个部门的联合批准，我校首次获批建立“水利水运工程专业”院士工作站。（《关于批准建立重庆市院士专家工作站的通知（渝科协文[2012]94号）》）
2013年5月，重庆交通大学牵头，联合长江航道规划设计研究院等单位组建了“绿色交通与装备技术协同创新中心”，并于2013年认定为重庆市协同创新中心。2014年9月，经重庆市教育委员会同意，中心更名为“长江航运工程与智能航道技术协同创新中心”（《关于同意重庆交通大学‘绿色交通与装备技术协同创新中心’更名的批复》（渝科教〔2014〕27号））。
2015年2月，重庆市科学技术委员会批准西科所建设“重庆市桥梁通航安全与防撞工程技术研究中心”（《关于2014年重庆市重点实验室和工程技术研究中心认定结果的通知（渝科委发[2015]10号）》）。
